L'histoire d'assassins creed prend place dans le futur (en fait elle se déroule en 2012 mais la série à été créé bien avant), mais tout le monde oublie ça. Desmond Miles est le fils du chef de la résistance qui lutte contre Abstergo, l'équivalent des templiers dans le futur. Ils ont inventés une machine qui permet de modifier le passé à l'aide de l'ADN du sujet, qui le plongera dans l'Animus, qui lui permettra de faire des actions à son ancêtre. Les ancêtres de Desmond sont les suivants:
• Altaïr, un assassin du moyen âge qui a trouvé la pomme d'Éden, une puissante relique qui permet de contrôler les hommes. Il est aussi considéré, et ceci on s'en aperçoit au fil des opus comme le mentor de tous les assassins.
• Ezzio, un assassin italien  de la renaissance qui est à la recherche de la pomme d'Éden, que Altaïr à caché dans le passé pour qu'elle ne cause aucun mal à la population du monde. Plusieurs épisodes seront consacrés sur Ezzio (3). On le verra au fil des épisodes vieillir, mais ne pas mourir, contrairement à Altaïr que nous verrons mourir dans Assassin's Creed Revelations. (Le 4ème)
• Le nom de son dernier ancêtre n'a pas encore été révelé, ni l'epoque dans lequel le jeu va se dérouler. D'après la bande annonce postée à début 2012 par EA, tout laisse à croire que l'épisode se déroulera pendant la guerre d'indépendance Américaine, mais rien ne le confirme reelement.
 
Desmond s'échappera donc d'Abstergo ou il est retenu comme un rat de laboratoire dans le second épisode. Là, il rencontrera 3 autres personnages qui l'aideront à localiser la pomme avant Abstergo. À la fin du 3ème épisode il retrouve la pomme, mais il ne peut contrôler son pouvoir et tue accidentellement un des personnages censé l'aider. Ensuite, il perd connaissance, et par un phénomène que aucun joueur n'arrive encore à expliquer, l'esprit de Desmond se retrouve bloqué dans l'Animus (un peu comme les limbes de Inception pour ceux qui l'on vu) ou il retrouve une autre personne qui a été capturé par Abstergo dans le même but que lui, le sujet 16 (je pense que c'est son frère mais je suis pas vraiment sûr), qui va l'aider à s'en sortir. Cet épisode alterne entre le scène de "discussion" avec le sujet 16 et des phases de jeu ou l'on contrôle Ezzio à Constantinople au XVIe siècle. (16e pour les nuls)
 
À la fin du 4ème épisode, on peut voir une cinématique qui révèle plusieurs choses, notamment l'origine de la pomme d'Éden. Mais les joueurs ne sont pas tous d'accords sur l'interprétation: en fait on peut y voir un hologramme de Minerve (une déesse) qui prétend faire parti du "peuple qui était là avant". Plusieurs autres personnages appartenant à son peuple avaient déjà fait irruption dans les épisode avant. Un dialogue entre Desmond (se trouvant alors de un monde parallèle) et l'hologramme (interactif) commence. Desmond lui demande pourquoi ils sont partis et minerve lui apprend assez rapidement l'histoire de son peuple et explique que toute leur sagesse se trouve à un endroit sur terre (aux états unis approximativement) mais que leur monde à été détruit entièrement à cause d'une cause naturelle à une très grande échelle. On voit alors le lieu ou était entreposé leur sagesse recouvert par des statues brisées qui se transforme en colline au fil du temps. Ensuite Desmond reprend connaissance, il voit son père, le chef de la résistance. Après on voit les portes du camion dans lequel ils ont voyagés durant "l'absence" de Desmond, et les collines ont sont les restes de statue de l'ancien temps et... FIN!! On aura donc la suite de l'histoire à la sortie de Assassin's creed III qui sera le 5e épisode de la série, à cause des épisodes intermédiaires.